Trường đang đào tạo bậc thạc sĩ với 8 chương trình:

1. Công nghệ nano
2. Kỹ thuật hạ tầng
3. Kỹ thuật môi trường
4. Chính sách công
5. Khu vực học
6. Quản trị kinh doanh
7. Biến đổi khí hậu và phát triển
8. Lãnh đạo toàn cầu (Global leadership)

Các Chương trình Cử nhân:

1. Cử nhân Nhật Bản học (3 định hướng chuyên sâu Luật, Quản lý Kinh tế, Giảng dạy Tiếng Nhật): Mở tuyển sinh từ năm 2020
2. Cử nhân Khoa học Kỹ thuật và Máy tính (Mở tuyển sinh từ năm 2021)

Trường Đại học Việt Nhật là một trong những trường đại học đầu tiên ở Việt Nam áp dụng triết lý giáo dục khai phóng vào đào tạo.